¿Por qué la palabra escatológico tiene dos significados tan distintos?

Eso es porque la fonología castellana impone siempre una E delante de todas las palabras que empiezan por S líquida. A un español le resulta imposible decir "Spanish" en vez de "espanish" hasta que llega a dominar bien el inglés; y algunos no lo consiguen en toda la vida.

Por tanto, no distinguimos entre escatología, el estudo de las "últimas cosas" en el sentido teológico (propiamente llamadas "postrimerías"), del griego éschatos (último) y lo que tendría que llamarse scatología, de skatós (excremento). En inglés sí se distingue eschatology de scatology.